Der Modus des EHF-Cup unterschiedet sich von dem der Champions League. Zunächst werden drei K.O.-Runden ausgespielt. Die Füchse Berlin sind als Team der DKB Handball-Bundesliga in Runde 3 gesetzt, und müssen daher in Runde 1 und 2 nicht antreten. Die Runde 3 wird dann als K.O.-Runde mit Hin- und Rückspiel ausgespielt. Anschließend folgt eine Gruppenphase mit vier Mannschaften und vier Gruppen. Die vier Gruppensieger und die drei besten Gruppenzweiten qualifizieren sich für die Viertelfinals. Aus diesem Kreis können sich die Teams dann für die Ausrichtung des Finalturniers (Final4-Modus) bewerben. Der Ausrichter muss das Viertelfinale nicht spielen, sondern ist direkt für das Finalturnier qualifiziert. Die EHF sieht zudem einige Sonderregelungen vor (bspw. wenn es einen neutralen Ausrichter gibt oder der schlechteste Gruppenzweite sich auf die Ausrichtung des Turniers beworben hat), die aber eher hypothetischen Charakter haben. 

Aufgrund der Setzlisten in der Auslosung der Runde 3 und dem Ausschluss Teams gleicher Nationen in der Gruppenphase ist ein Aufeinandertreffen mit der TSV Hannover-Burgdorf erst ab dem Viertelfinale möglich. 

Der Zeitplan des EHF-Cup 2013/2014:

07./08.09.2013 & 14./15.09.2013 - Qualifikation Runde 1 (ohne Füchse Berlin)

12./13.10.2013 & 19./20.10.2013 - Qualifikation Runde 2 (ohne Füchse Berlin)

22.10.2013 - Auslosung Runde 3 (mit Füchse Berlin)

23./24.11.2013 & 30.11./01.12.2013 - Qualifikation Runde 3 (mit Füchse Berlin)

05.12.2014 - Gruppenauslosung

08.09.2014-30.03.2014 Gruppenphase mit vier Mannschaften und vier Gruppen (alle Gruppenersten und die drei besten Gruppenzweiten kommen weiter*)

01.04.2014 - Auslosung Viertelfinals (drei Viertelfinals, Ausrichter gesetzt*)

19./20.04.2014 & 26./27.04.2014 - Viertelfinals (Hin- und Rückspiel) 

17./18.05.2014 - EHF Cup Finalturnier 

* - beschrieben ist der zu erwartende Fall, es gibt Ausnahmen siehe Fließtext.

Der EHF-Cup-Sieger ist in der folgenden Saison als Titelverteidiger wieder für den EHF-Cup qualifiziert, es sei denn, er qualifiziert sich über das Liga-Ranking für einen höheren Wettbewerb.